通常不合法，除非用人单位在与劳动者签订的劳动合同中明确约定了该标准，且该约定不低于法定最低标准。
以下是对您问题的具体分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条【加班工资标准】
“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”
- 适用解释：该条文规定了加班费的计算标准，即“工资”的特定倍数。这里的“工资”指的是劳动者在正常工作时间内获得的工资报酬，是计算加班费的基础。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条【加班费支付责任】
“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定给予经济补偿的。”
- 适用解释：该条文明确了用人单位未足额支付加班费的法律后果，即劳动行政部门有权责令其支付，逾期不支付的，还需支付额外赔偿金。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条【加班费支付】
“用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。”
- 适用解释：该条文进一步强调了用人单位支付加班费的义务，并指向了“国家有关规定”，即前述《劳动法》第四十四条的具体计算方法。
问题具体分析
- 加班费的计算基数：加班费的计算基数是劳动者在正常工作时间内获得的工资报酬，即正常工作时间的工资。这通常包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。如果仅以当地最低工资标准作为基数，显然低于劳动者的实际工资水平，不符合法律规定。
- “最低工资标准”的适用：最低工资标准是用人单位支付劳动者在法定工作时间内提供正常劳动的最低工资保障，而不是计算加班费的基准。以最低工资标准作为加班费计算基数，实质上是变相降低了劳动者的加班报酬，侵害了劳动者的合法权益。
- 例外情况：在实践中，如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定，以最低工资标准作为加班费的计算基数，且该约定不低于法定最低标准，该约定可能被认定为有效。但需注意，该约定不能违反法律的强制性规定，否则无效。
结论与行动建议
结论：通常情况下，公司以最低工资标准作为加班费计算基数的做法不合法。这种做法实质上是变相克扣劳动者应得的加班报酬，违反了法律规定，侵害了劳动者的合法权益。
行动建议：
收集证据：整理并保存好相关证据，例如：
- 工资条：清晰显示基本工资、加班费计算基数、加班时数、实发加班费金额的记录。
- 加班记录：如考勤记录、打卡记录、加班通知、工作邮件、微信聊天记录等。
- 劳动合同：明确工资标准和加班费计算方式的条款。
- 工资银行转账记录：证明工资支付情况。
内部沟通：首先尝试与公司人力资源部门或上级主管进行正式沟通，明确指出其以最低工资标准计算加班费的做法不合法，要求其依法支付足额加班费。
行政投诉：如果公司拒绝改正，您可以向用人单位所在地的
劳动监察部门进行投诉举报，要求其责令公司限期支付。
申请劳动仲裁：若行政投诉后公司仍未履行，您可以向用人单位所在地的
劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求裁决公司支付拖欠的加班费及可能的赔偿金。
司法诉讼：如对仲裁裁决不服，可以在法定期限内向
人民法院提起诉讼。
风险提示：在采取上述行动前，请务必收集并妥善保管好所有相关证据，以证明您的工资标准和加班事实。维权过程可能涉及时间成本和精力，但通过合法途径维护自身权益是必要的。
